Les coûts d'exploitation annuelle d'un entrepôt sont :

• des charges d'amortissement du bâtiment et de ses installations (rayonnages, installations de sécurité, moyens de manutention, informatique, etc.) ou de location ;
• des charges d'exploitation constituées de salaires et charges sociales et de nombreux postes de charges diverses y compris les primes d'assurances qui peuvent être importantes ;
• ou des redevances payées à l'exploitant de l'entrepôt sous traité en fonction de l' espace occupé, du nombre d'opérations par période, etc.